Tiền thân của đội là Đội bóng đá Đồng Tháp, thành lập năm 1976, do Sở Thể dục Thể thao Đồng Tháp quản lý. Ngay từ khi thành lập, đội đã được xếp vào những đội bóng hàng đầu của Đồng bằng sông Cửu Long. Năm 1978, lần đầu tiên một giải đấu chính thức cấp khu vực được tổ chức trên cả 3 miền: Hồng Hà (miền Bắc), Trường Sơn (miền Trung) và Cửu Long (miền Nam). Cuối năm 2014, CLB được quản lý điều hành bởi Công ty Cổ phần Phát triển Bóng đá Đồng Tháp, cũng là thời điểm đổi tên CLB thành Câu lạc bộ Bóng đá Đồng Tháp. Song song đó, CLB Bóng đá Đồng Tháp đạt kết quả tốt ở mùa giải hạng Nhất năm 2014 và giành suất thăng hạng V.League.
